El color innato de las células y del estroma se modifica por la cantidad de sangre el en lecho vascular y pigmentos como la mioglobina, esteroides, bilis, melanina, etc. Los colores oscuros suelen ocultar a los claros. Los diferentes colores son sugestivos de distintos cambios:
- Rojo: indica hemorragia, hiperemia o congestión. Las hemorragias casi siempre se asocian a necrosis. Es raro observar solo hemorragia, un ejemplo de esto es la intoxicación por warfarina.
- Blanco: necrosis e inflamación son los dos procesos más asociados con el color blanco. También aparece en hueso, grasa, tejido conectivo fibroso, depósitos minerales, uratos y queratina.
- Amarillo: necrosis que involucra lípidos, bilirrubina, fibrina, meconio, producción de esteroides (tonalidad naranja).
- Verde: asociado a pigmentos biliares, algunos procesos con infiltración masiva de neutrófilos o eosinófilos, necrosis de coagulación en aves, infecciones por algas u hongos, aspiración de material vegetal.
- Negro: asociado a sangre, depósito de melanina, necrosis, pigmento de trematodos, carbón y sulfuro de hidrógeno. El riñón de oveja puede verse negro por la presencia de hemoglobina debido a la hemólisis producida por la intoxicación por cobre.